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照亮生命科学前进之路 三大分子诊断技术平台浅析
作者:佚名 文章来源:本站原创 点击数: 更新时间:2024/4/7 1:50:10 | 【字体:

  一亿情恶魔总裁放过我随着基因组学、生物信息学、蛋白质组学等多学科的交叉和融合,分子诊断学技术得到长足的发展。越来越多的分子技术应用于疾病的诊断、疗效监测和预后判断,这为

  DNA和RNA为诊断材料,用分子生物学技术通过检测基因的存在、缺陷或表达异常,从而对人体状态和疾病作出诊断的技术。其基本原理是检测DNA或RNA的结构是否变化、量的多少及表达功能是否异常,以确定受检者有无基因水平的异常变化,对疾病的预防、预测、诊断、治疗和预后具有重要意义。

  以PCR技术为基础的DNA诊断,特别是定量PCR和实时PCR的应用,不仅可以检测存在于宿主的多种DNA和RNA病原体载量,还可检测多基因遗传病细胞中mRNA的表达量;

  以生物芯片(biochip)技术为代表的高通量密集型检测技术,生物芯片技术包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片等,由于其工作原理和结果处理过程突破了传统的检测方法,不仅具有样品处理能力强、用途广泛、自动化程度高等特点,而且具有广阔的应用前景和商业价值,因此成为分子诊断技术领域的一大热点。

  技术是一种用于扩增特定DNA片段的分子生物学技术,基本原理是在反应室中模拟细胞内的DNA复制,即人为创造核酸半保留复制条件,使目的DNA在细胞外完成扩增的过程。由1983年美国Mullis首先提出设想,1985年由其发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。通过PCR技术进行分子诊断的流程如下:核酸提取——核酸扩增——核酸检测。

  PCR技术由于壁垒相对较低,国产化程度高,国内企业布局相对较早,因此基于PCR技术的分子诊断产品占总产品量的70%以上。按照靶标数量划分,PCR技术平台通常可分为qPCR和ddPCR。

  PCR(qPCR):Real-time PCR,美国PE(Perkin Elmer)公司1995年研制出来的一种新的核酸定量技术,该技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针来实现其定量功能的,与普通PCR相比,实时定量PCR具有许多优点:利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,最终对起始模板的定量分析。

  数字PCR):ddPCR系统利用油包水技术,在传统的PCR扩增前将一个大的反应体系进行微滴化处理,将此反应体系分割为成千上万个微滴,即成千上万个独立的PCR反应体系。在此过程中,样品被稀释至单分子水平,并被平均分配到这几万个反应体系中,每个微滴中不含或者含有至少一个待检测的核酸靶分子,这样也相当于变相的对靶基因进行富集。

  DNA序列的技术。在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有Sanger等(1977)发明的双脱氧链末端终止法和Maxam和Gilbert(1977)发明的化学降解法。这二种方法在原理上差异很大,但都是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,产生A,T,C,G四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得DNA序列。目前Sanger测序法得到了广泛的应用。简单讲基因测序技术是针对DNA片段进行测序和分析,使得DNA序列得以清晰。

  Sanger测序技术,被称作是测序届金标准。随着高通量测序技术应用拓展,基因测序技术将不断升级,也将进一步提高占比,成为未来肿瘤检测的主要技术。

  NGS测序平台。NGS(下一代测序,也被称为“二代测序”)。二代测序在临床领域的应用快速增涨,其在临床上的应用主要包括疾病目标基因集测序(disease-targeted gene panels)、全外显子组测序(whole exome sequencing , WES)和全基因组测序(whole genome sequencing , WGS)。总体来说,NGS技术具有通量大、时间短、精确度高和信息量丰富等优点,可以在短时间内对感兴趣的基因进行精确定位。

  PCR扩增,可直接对单个分子进行测序;样品制备简单,测序成本进一步降低;可直接读取RNA的序列和包括甲基化在内的DNA修饰。这些优势可以大大改善临床基因测序的成本、速度和质量,但单分子测序有通量限制,所以并不适合独立做全基因组测序,更适于针对有限的、个性化的、目标性的应用。

  其测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。

  按照载体上所添加DNA种类的不同,基因芯片可分为寡核苷酸芯片和cDNA芯片两种。

  基因芯片技术和基因测序技术的应用重叠度越来越高。基因芯片技术在一些领域逐步被二代测序替代,但是芯片有自己的优势:技术较为成熟,样本处理和数据分析相对测序更加简单、快速,在大规模样本的固定位点基因检测速度上有很大优势,在基因表达检测上对中低表达峰度的基因检测可靠性更高、在基因拷贝数变化的研究方面速度较快,成本相对较低。而微流控芯片技术的引入可以实现检测自动化和一体化,整体效率有较大提升。

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